Au début du XXe siècle, dans le Missouri, William Stoner est promis à la vie âpre et miséreuse des paysans. Le conseiller rural de l'endroit préconise plutôt la faculté d'agriculture. Ses parents se résolvent à l'y envoyer et consentent les sacrifices qui s'imposent. William sera hébergé par des cousins contre du travail dans leur ferme. Le cours d'initiation à la littérature, perçu comme secondaire par les étudiants, lui fait découvrir un nouveau monde : c'est la perte de conscience provoquée par son professeur Archer Sloane à l'évocation d'un sonnet de Shakespeare qui  fera basculer sa vie. On le suit jusqu'à sa mort.

L'histoire se déroule de la fin du XIXe siècle aux années 60.

Le récit est concentré sur quelques personnages autour de Stoner : son épouse, sa fille, sa maîtresse, deux amis, les professeurs, quelques étudiants : Holly Lomax, avec lequel s'installe une querelle de vingt ans ; Walker dont l'incapacité pédante et la malhonnêteté le feront s'acharner sur lui. 

"Je ne boude pas mon plaisir, c'est romanesque comme peuvent l'être Jane Austen ou Edith Wharton, j'ai laissé mon œil critique et je me suis plongé dans la lecture". "Au début j'ai pris des notes mais j'ai cessé assez vite, pris par le récit". Ces témoignages de lecteurs donnent le ton. C'est vrai qu'on s'attache très vite aux personnages et aux péripéties de la vie de Stoner. Mais ce roman très dense n'est peut-être pas si facile, au contraire il est sans doute beaucoup plus fin qu'on ne le pense tout d'abord, dans son approche psychologique et dans sa construction.

Est-ce que l'auteur n'en rajoute pas un peu pour accabler son malheureux héros ? Les catastrophes ne cessent de s'abattre sur lui, on se prend à espérer à chaque fois que ce ne sera pas pour lui, eh bien si, au point qu'à la fin il est cabossé de la tête aux pieds. Face à cette adversité Stoner, malgré un côté très volontaire, abandonne vite, reste totalement bienveillant, laisse tout faire, y compris se laisser séparer de sa fille que pourtant il adore. Cette forme de lâcheté, ce renoncement total, le rendent parfois irritant, surtout face à sa femme qui est tout simplement insupportable. Ce qu'il tolère de sa part est terrible, par exemple quand elle le harcèle pour avoir un enfant. Il semble qu'il ne peut échapper à ses origines de campagnard pauvre qui l'amènent à s'incliner toujours. Pourtant le fossé avec ses parents s'est creusé de façon irrémédiable, ce qui est très bien rendu dans la description de leurs relations.

Ce qui importe réellement à Stoner, c'est sa passion de la littérature, de la vie intellectuelle et de la transmission. C'est cela seul qui le porte, qui le nourrit. Il y a bien cette flamme au milieu de sa vie, cet amour partagé, ce bol d'oxygène, mais il finira par laisser les conventions prendre le dessus. Les seuls moments où il tient vraiment, c'est lorsqu'il défend ses convictions intellectuelles, contre l'étudiant malhonnête, contre l'institution qui veut lui faire supprimer son cours de grammaire, … Il est là d'une détermination inébranlable. Le reste, ce ne sont qu'épiphénomènes. C'est à l'Université qu'il est, qu'il est vivant. On le suit tout au long de sa vie, dans un récit construit par séquences qui sont les moments forts de sa vie : ses études, son mariage, sa fille, sa liaison. Le travail est aussi au cœur de ce livre, le sien, celui de ses parents, ce travail par lequel on cherche à sortir de son milieu. Mais le vrai fil conducteur c'est l'activité intellectuelle de Stoner.

A-t-il choisi sa vie, consciemment ou inconsciemment ? Après tout il décide bien de ne pas aller à la guerre. Mais le débat sur la part de choix de chaque vie est un peu vaste pour l'heure …